（一）内设部门职责简介
昌吉州纪委监委组织机构包括：内设职能部门、所属事业单位和派驻（派出）纪检监察组。
内设职能部门具体为：办公室、组织部、宣传部、政策法规研究室、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第四监督检查室、第五至第七审查调查室、案件审理室、纪检监察干部监督室、机关党委。
内设机构及职责简介
办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草自治州纪委监委有关文件、重要文稿；督促检查有关工作部署的落实情况等；负责机关对外联络工作。
组织部：负责纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；根据干部管理权限承办有关干部人事工作；组织和指导纪检监察系统干部教育培训工作；负责自治州纪委监委机关、巡察机构、派驻机构离退休干部工作等。
宣传部：负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络宣传工作等。
政策法规研究室：负责提出全州纪检监察法规制度建设规划、计划和建议；起草、修改全州纪检监察制度；修改把关全州纪检监察规范性文件；负责纪检监察法规制度的咨询答复、解释指导、立规后评估、备案审查、清理、编纂等；综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究；协助起草重要文稿。
党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及落实党中央治疆方略、特别是社会稳定和长治久安总目标的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行情况的监督检查；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”“四气”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实；综合协调自治州纪委监委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理工作；综合分析党风政风监督工作情况，开展调查研究，提出工作建议；组织开展党风政风监督专项检查活动；指导自治州纪检监察系统的党风政风监督工作等。
信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；归口受理对自治州党委管理的党的组织和党员干部违反党纪、职务违法和职务犯罪行为等的信访举报，统一接收自治州纪委监委派驻（派出）机构和各县市纪委监委报送的相关信访举报，分类摘要后将问题线索类信访举报移交监督检查室；受理党员对自治州纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对自治州监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等；指导全州纪检监察系统的信访举报工作。
案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理巡察工作机构和审计机关、行政执法机关、司法机关等单位移交的相关问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交监督检查室；统一受理下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告，分送有关部门；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况等。落实党中央决策部署和自治区、自治州党委工作要求，依规开展国际追逃追赃和防逃事宜。
第一监督检查室至第四监督检查室：主要履行依规依纪依法监督的职责。监督检查联系单位（县市）领导班子及自治州党委管理干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及落实党中央治疆方略、特别是社会稳定和长治久安总目标，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位（县市）党组（党委）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委（派驻、派出机构）落实纪检、监察责任，实施问责；向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索，对适用“四种形态”中第一种、第二种形态的，按程序提出处置意见；对适用第三种、第四种形态的，按程序移交审查调查室；综合、协调、指导联系单位（县市）及其系统的纪检监察工作；监督被巡察单位党组织做好巡察整改工作等。
第五审查调查室至第七审查调查室：主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议；可以办理下一级监察机关管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理所辖各级监察机关管辖范围内的监察事项等。
案件审理室：负责审理自治州纪委监委直接审查调查和县市级党的组织、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；承办党员对自治州纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对自治州监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由自治州纪委监委办理的申诉、复核案件等。
纪检监察干部监督室：负责监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及落实党中央治疆方略、特别是社会稳定和长治久安总目标等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
机关党委：负责委机关、巡察机构、派驻机构和机关所属事业单位的党群工作。