木垒县纪委监委组织机构包括：内设职能部门、巡察机构和派驻纪检监察组。
内设职能部门
办公室、组宣部、党风政风监督室、案件审理室、信访室、案件监督管理室、第一纪检监察室、第二纪检监察室、第三纪检监察室、第四纪检监察室。
县委巡察机构
县委巡察办公室，下设四个巡察组。
县纪委监委派驻纪检监察组
第一纪检监察组、第二纪检监察组、第三纪检监察组、第四纪检监察组、第五纪检监察组、第六纪检监察组
县直属单位：审查调查中心
